Configurando as aplicações externas¶

SAGA¶

Algoritmos SAGA pode ser executado a partir de | qg | se você tiver SAGA instalado em seu sistema e configurar a estrutura de processamento adequada para que ele possa encontrar seus executáveis ​​. Em particular, o executável de linha de comando SAGA é necessário para executar seus algoritmos.

Caso esteja utilizando o sistema Windows, os instaladores stand-alone ou o instalador OSGeo4W, ambos instalam o SAGA juntamente com o QGIS, e o caminho é automaticamente configurado, portanto não é necessário fazer mais nada.

Se você instalou o SAGA (lembre-se, você precisará da versão 2.1), o caminho para o executável SAGA deve ser configurado. Para fazer isso, abra a janela de configuração. No: guilabel: ``SAGA` block, você vai encontrar um ambiente com o nome: guilabel: SAGA Folder.. Digite o caminho para a pasta onde está instalado SAGA. Feche a janela de configuração, e agora você está pronto para executar algoritmos de SAGA a partir do QGIS.

Se estiver utilizado o linux, os binários SAGA não estão incluídos no SEXTANTE, portanto precisa baixar e instalar o software. Por favor verifique o sítio na internet do SAGA para maisinformações. É necessário o SAGA 2.1.

Neste caso não necessita de configurar o caminho para o executável SAGA, e não irá ver aquelas pastas. Em vez disso, deve garantir que o SAGA está instalado corretamente e a sua pasta adicionada à variável de ambiente PATH. Apenas abra o console e digite saga_cmd para verificar se o sistema encontra onde os binários SAGA estão localizados.

R. Creating R scripts¶

A integração da linguagem R com o QGIS é diferente do SAGA em que não há um conjunto de algoritmos predefinido que pode rodar (com exceção de alguns exemplos). Em vez disso, você deve escrever seus scripts e chamar os comandos R, e de uma forma muito semelhante ao que vimos no capítulo dedicado ao processamento de scripts. Este capítulo mostra a sintaxe para usar e para chamar os comandos de R no SEXTANTE além de como usar objetos SEXTANTE (camadas, tabelas) nestes scripts.

A primeira coisa que você tem que fazer, como vimos no caso da SAGA, é dizer ao QGIS onde seus binários R estão localizados. Você pode fazer isso usando o:guilabel:R folder entrando na janela de configuração de processamento. Depois de definir esse parâmetro, você pode começar a criar e executar seus próprios scripts R.

Uma vez mais, isto é diferente no Linux, e só tem de ter certeza que a pasta do R está incluída na variável de ambiente PATH. Se conseguir iniciar o R, apenas introduza R na consola, e estará pronto a começar.

Para adicionar um novo algoritmo que usa uma função R (ou um script R mais complexo que você desenvolveu e que você gostaria de ter disponível a partir do QGIS), você tem que criar um arquivo de script que informa a estrutura de processamento e como proceder com essa operação e inserir os comandos correspondentes em R.

Os arquivos de script R têm a extensão .rsx e é fácil criá-los se tiver o conhecimento básico da sintaxe do R e do código R. Eles devem ficar armazenados na pasta scripts R. Pode definir esta pasta no grupo de configurações R (disponível a partir do diálogo de configurações do processamento), como faz com a pasta para scripts normais do processamento.

Vamos dar uma olhada em um arquivo muito simples de script, que chama o método R spsample para criar uma rede aleatória dentro do limite dos polígonos em uma dada camada de polígono. Este método pertencem ao pacote maptools`. Uma vez que quase todos os algoritmos que você gostaria de incorporar ao |qg| vai usar ou gerar dados espaciais, conhecimento de pacotes espaciais como ``maptools e, especialmente, sp, é obrigatório.

##polyg=vector
##numpoints=number 10
##output=output vector
##sp=group
pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")
output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

The first lines, which start with a double Python comment sign (##), tell QGIS the inputs of the algorithm described in the file and the outputs that it will generate. They work with exactly the same syntax as the SEXTANTE scripts that we have already seen, so they will not be described here again. Check the processing_scripts section for more information.

Quando você declara um parâmetro de entrada, o QGIS usa essa informação para duas coisas: criar a interface do usuário para pedi-lo o valor desse parâmetro e criando uma variável de R correspondente, que pode mais tarde ser usado como entrada para os comandos R.

No exemplo acima, estamos declarando uma entrada do tipo vetorial chamado polyg. Ao executar o algoritmo, o QGIS vai abrir em R a camada selecionada pelo usuário e armazená-lá em uma variável também chamado polyg. Assim, o nome de um parâmetro também é o nome da variável que pode usar em R para concordar com o valor daquele parâmetro (portanto, você deve evitar o uso de palavras reservadas ao R como nomes de parâmetro).

Elementos espaciais como camadas vetoriais e raster são lidos usando os comandos readOGR () `` e ``brick() (você não tem que se preocupar com a adição desses comandos para o seu arquivo de descrição pois o QGIS fará) , e eles são armazenados como objetos Spatial*DataFrame . Campos da tabela são armazenados como strings contendo o nome do campo selecionado.

Tabelas são abertas usando o comando read.csv(). Se uma tabela inserida pelo usuário não está no formato CSV, será convertida antes de importá-la para R.

Adicionalmente, os arquivos raster pode ser lidos usando o comando readGDAL() em vez de brick(), usando o ##usereadgdal.

Se você é um usuário avançado e não quer o | qg | para criar o objeto que representa a camada, você pode usar o `` # # passfilename `` tag para indicar que você prefere um texto com o nome do arquivo em seu lugar. Neste caso, cabe a você abrir o arquivo antes de realizar qualquer operação com os dados que ele contém.

Com a informação em cima, podemos agora perceber a primeira linha do nosso primeiro script exemplo (a primeira linha que não começa com o comentário Python).

pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")

A variável polygon já contém o objecto SpatialPolygonsDataFrame, portanto pode ser usado para chamar o método spsample, tal como o numpoints, que indica o número de pontos a ser adicionados ao grid de amostra criada.

Desde que declarado uma saída do tipo vetor chamado out, temos que criar uma variável chamada out e armazenar um ` Spatial*DataFrame objeto nele (neste caso, um SpatialPointsDataFrame). Você pode usar qualquer nome para as variáveis ​​intermediárias. Apenas certifique-se de que a variável que armazena o resultado final tem o mesmo nome que você usou para declará-la, e que contém um valor adequado.

Neste caso, o resultado obtido a partir do método `spsample tem que ser convertido diretamente no SpatialPointsDataFrame" objeto, uma vez que é por si só um objeto de classe ``ppp, o que não é uma classe adequada para ser devolvida ao | qg |.

Se o seu algoritmo gera camadas raster, a maneira como eles são salvos vai depender se você tem usado ou não usou a opção `` #dontuserasterpackag . O que você tem usado, as camadas são salvas usando o método `` writeGDAL () ``. Se não, o `` writeRaster () `` método do pacote de  ``raster será usado.

Se usou a opção #passfilename, os arquivos de saída são gerados usando o pacote raster (com writeRaster()), mesmo que não seja usado nos arquivos de entrada.

Se o seu algoritmo não gera qualquer camada, mas sim um resultado de texto no console em vez disso, você tem que indicar que deseja que o console seja exibido uma vez que a execução seja concluída. Para isso, basta começar as linhas de comando que produzem os resultados que você deseja imprimir com a > (‘greater’) sign. A saída de todas as outras linhas não serão mostradas. Por exemplo, aqui está o arquivo de descrição de um algoritmo que realiza um teste de normalidade em um determinado campo (coluna) dos atributos de uma camada vetorial:

##layer=vector
##field=field layer
##nortest=group
library(nortest)
>lillie.test(layer[[field]])

A saída da última linha é impressa, mas a saída da primeira não é (e nem são as saídas de outras linhas de comando adicionadas automaticamente pelo QGIS).

Se o seu algoritmo criar qualquer tipo de gráficos (usando o método ``plot()), adicione a seguinte linha:

##showplots

Isto fará com que o QGIS redirecione todas as saídas gráficas R para um ficheiro temporário, que poderá ser mais tarde aberta quando a execução do R é finalizada.

Tanto os gráficos como os resultados do console serão exibidos no gestor de resultados do processamento.

Para mais informações, consulte os arquivos de script fornecidos com o SEXTANTE. A maioria deles são bastante simples e vai lhe ajudar muito a entender como criar as seus próprios scripts.

GRASS¶

Configurar o GRASS não é muito diferente de configurar o SAGA. Primeiro, o caminho para a pasta GRASS tem de ser definida, mas apenas se estiver a correr o Windows. Adicionalmente, um interpretador shell, (normalmente o msys.exe, que pode ser encontrado na maioria das distribuições do GRASS para o Windows) tem de ser definido e o seu caminho configurado.

Por padrão, a estrutura de processamento tenta configurar seu conector GRASS para usar a distribuição que conecta junto com o | qg |. Isso deve funcionar sem problemas na maioria dos sistemas, mas se você tiver problemas, você pode ter que configurar o conector GRASS manualmente. Além disso, se você quiser usar uma instalação GRASS diferente, você pode alterar essa configuração e aponte para a pasta onde a outra versão está instalada. GRASS 6.4 é necessário para os algoritmos funcionarem corretamente.

Se está a trabalhar em Linux, só necessita de ter a certeza que o GRASS está corretamente instalado, e pode ser executado sem problema a partir do console.

Algoritmos GRASS usar uma região para os cálculos. Esta região pode ser definida manualmente usando valores semelhantes aos encontrados na configuração saga, ou automaticamente, tendo a extensão mínima que abrange todas as camadas de entrada usadas para executar o algoritmo de cada vez. Se esta abordagem é o comportamento que você preferir, basta verificar o Use min covering region nos parâmetros de configuração GRASS.

O último parâmetro que tem que ser configurado está relacionada com o mapset. O mapset é necessário para executar o GRASS, e a estrutura de processamento cria um mapset temporário para cada execução. Você tem que informar ao sistema se os dados que você está trabalhando são geográficos (latitude/longitude) ou coordenadas projetadas.

GDAL¶

Não é necessário configurações adicionais para correr os algoritmos GDAL, uma vez que já está incorporado no QGIS e os algoritmos podem inferir na sua configuração a partir dele.

Orfeo Toolbox¶

Algoritmos do Orfeo Toolbox (OTB) pode ser executado a partir de QGIS se este sistema estiver instalado em seu sistema e configurou QGIS corretamente, para que ele possa encontrar todos os arquivos necessários (ferramentas de linha de comando e bibliotecas).

Se estiver utilizado o Linux, os binários SAGA não estarão incluídos no QGIS, portanto precisa de transferir e instalar o software. Por favor verifique o sítio na internet do OTB para mais informação sendo necessário o SAGA 2.1.

Uma vez instalado o OTB, inicie o QGIS, abra a janela de configuração do processamento e configure o provedor de algoritmo OTB. No :guilabel: `Orfeo Toolbox (image analysis)`bloco, você vai encontrar todas as definições relacionadas com a OTB. Em primeiro lugar, garanta que os algoritmos estão habilitados.

Em seguida, configure o caminho para a pasta onde estão as ferramentas da linha de comandos OTB e as bibliotecas estão instaladas:

• normalmente OTB applications folder encaminha para /usr/lib/otb/applications e OTB command line tools folder é /usr/bin

• | Se você usar o instalador OSGeo4W, instale o pacote otb-bin e entre C:\OSGeo4W\apps\orfeotoolbox\applications como OTB applications folder e `C:\OSGeo4W\bin as OTB command line tools folder. Estes valores devem ser configurados por padrão, mas se você tiver uma instalação OTB diferente, configure-os para os valores correspondentes no seu sistema.

TauDEM¶

Para usar este provedor necessita de instalar as ferramentas da linha de comandos do TauDEM.