Configuration des applications tierces¶

SAGA¶

Les algorithmes de SAGA peuvent être exécutés depuis QGIS si SAGA est installé sur votre ordinateur et que le module de traitements QGIS est configuré correctement pour trouver les fichiers nécessaires. En particulier, l’exécutable en ligne de commande de SAGE est nécessaire pour utiliser les algorithmes.

Si vous utilisez Windows, les installateurs indépendant et OSGeo4W incluent SAGA aux côtés de QGIS, et le chemin d’accès est automatiquement configuré. Il n’y a donc rien à faire d’autre.

Si vous avez installé vous-même SAGA (rappelez-vous qu’il vous faut la version 2.1), le chemin de l’exécutable SAGA doit être configuré. pour cela, ouvrez la fenêtre de configuration. Dans le bloc SAGA, vous trouverez un paramètre nommé Répertoire SAGA. Entrez le chemin du dossier d’installation de SAGA et fermez la fenêtre. Vous êtes prêts à utiliser les algorithmes de SAGA depuis QGIS.

Si vous êtes sur Linux, les exécutables SAGA ne sont pas inclus dans le module de traitement. Vous devez donc télécharger et installer le logiciel vous-même. Référez au site web de SAGA pour plus d’informations. SAGA 2.1 est requis.

Dans ce cas, il n’est pas nécessaire de configurer le chemin vers l’exécutable de SAGA et vous ne verrez pas ces répertoires. Vérifiez que SAGA est correctement installé et que le chemin d’installation figure dans la variable d’environnement PATH. Pour vérifier que les fichiers binaires de SAGA sont accessibles, ouvrez une console et tapez saga_cmd.

R. Creating R scripts¶

L’intégration de R est légèrement différente de celle de SAGA, dans la mesure où il n’y a pas d’ensemble prédéfini d’algorithmes à exécuter (hormis quelques exemples). C’est donc à vous d’écrire les scripts à transmettre à R, comme vous le feriez depuis R. Un peu comme dans la section sur les scripts. Cette section va vous montrer comment appeler les commandes R à partir de QGIS et comment leur transmettre les objets QGIS (couches et tables).

La première chose à faire, comme nous l’avons vu pour SAGA, est de dire à QGIS où se situent les fichiers exécutables de R. Paramétrez l’entrée Répertoire R dans la fenêtre de configuration du module de traitements. Une fois cela fait, vous pouvez commencer à créer et exécuter vos propres scripts R.

Une fois encore, pour Linux, cela est légèrement différent : vous n’avez qu’à vérifier que le répertoire R est inclus dans la variable d’environnement PATH. Si vous pouvez lancer R en tapant R dans un terminal, alors vous êtes prêt pour la suite.

Pour ajouter un nouvel algorithme qui appelle une fonction R (ou un script R plus complexe que vous auriez développé et que vous souhaiteriez utiliser dans QGIS), vous devez créer un fichier de script qui va indiquer au module de traitements comment effectuer l’opération et les commandes R correspondantes.

Les fichiers de scripts R ont l’extension .rsx et leur création est relativement simple si vous connaissez la syntaxe et le langage de script de R. Ils seront sauvegardés dans le répertoire de scripts de R. Vous pouvez configurer ce répertoire dans le groupe de configuration de R (dans la fenêtre Options du module de traitements), comme vous le feriez pour un script ordinaire.

Voyons un simple script, qui appelle la méthode spsample de R, pour créer une grille aléatoire à l’intérieur de l’emprise d’un ensemble de polygones d’une couche donnée. Cette fonction appartient au paquet maptools. Comme la plupart des algorithmes que vous aurez à intégrer dans QGIS utilisent ou génèrent des données spatiales, la connaissance des paquets spatiaux comme maptools et surtout sp est un prérequis.

##polyg=vector
##numpoints=number 10
##output=output vector
##sp=group
pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")
output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

Les premières lignes, qui commencent avec un double signe de commentaire Python (##), indiquent à QGIS les entrées de l’algorithme décrit dans le fichier ainsi que les sorties qu’il génère. Ces lignes fonctionnent exactement avec la même syntaxe que les scripts SEXTANTE que nous avons déjà étudié et elles ne seront pas décrites davantage ici.

Quand vous déclarez un paramètre d’entrée, QGIS utilise cette information pour deux choses : créer le formulaire pour demander à l’utilisateur la valeur de ce paramètre et créer la variable R correspondante qui sera ensuite utilisée dans les commandes R.

Dans l’exemple ci-dessus, nous avons déclaré une entrée de type vecteur appelée polyg. A l’exécution de l’algorithme, QGIS ouvrira la couche sélectionnée par l’utilisateur dans R et la stockera dans une variable nommée polyg. Ainsi, le nom du paramètre est également le nom de la variable à utiliser dans R pour accéder à son contenu (par conséquent, évitez d’utiliser des mots réservés R comme noms de paramètre).

Les éléments spatiaux telles que les couches vecteur et raster sont lues en utilisant les commandes readOGR() et brick() (n’ajoutez pas ces commandes à votre description de fichier – QGIS s’en chargera). Elles sont stockées en tant qu’objets Spatial*DataFrame. Les champs des tables sont stockés en tant que chaînes de caractères contenant le nom du champ sélectionné.

Les tables sont ouvertes par la commande read.csv(). Si la table à charger n’est pas au format CSV, il faudra la convertir avant de l’importer dans R.

De plus, les couches raster peuvent être lues avec la commande readGDAL() au lieu de brick(), en utilisant ##usereadgdal.

Si vous êtes un utilisateur expert et que vous ne voulez pas que QGIS crée l’objet correspondant à une couche, vous pouvez utiliser le paramètre ##passfilename qui indique que vous préférez une chaîne de caractères contenant le nom du fichier à la place. Dans ce cas, c’est à vous d’ouvrir le fichier au préalable.

Avec l’information ci-dessus, nous pouvons maintenant comprendre la première ligne de notre premier exemple de script (la première ligne qui n’est pas un commentaire Python).

pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")

La variable polygon contient déjà un objet SpatialPolygonsDataFrame, l’appel de la méthode spsample est donc simple. Il en est de même pour la méthode numpoints qui renvoit le nombre de points à ajouter pour créer la grille.

Comme nous avons déclaré une sortie de type vecteur nommée out, nous devons créer cette variable out et lui affecter un objet Spatial*DataFrame (dans notre cas, un SpatialPointsDataFrame). Vous pouvez utiliser n’importe quel nom pour les variables intermédiaires. Assurez-vous simplement que la variable qui stocke la valeur finale ait le même nom que la variable de sortie définie au début ainsi qu’une valeur compatible.

Dans notre exemple, le résultat de la méthode spsample doit être converti explicitement en objet SpatialPointsDataFrame, dans la mesure où c’est un objet de la classe ppp qui ne peut être retransmis à QGIS.

Si votre algorithme génère des couches raster, la façon dont elles sont sauvegardées varie si vous avez utilisé l’option #dontuserasterpackage ou pas. If oui, les couches seront sauvegardées en utilisant la méthode writeGDAL(). Si non, la méthode writeRaster() du paquet raster sera utilisée.

Si vous avez utilisé l’option #passfilename, les sorties sont générées à l’aide du package raster (avec writeRaster()), bien qu’il ne soit pas utilisé en entrée.

Si votre algorithme ne renvoie pas de couche mais plutôt un résultat texte dans la console, vous devez préciser que la console doit s’afficher à la fin de son exécution. Pour cela, commencez les lignes qui doivent renvoyer les résultats par le signe >. Les sorties des autres lignes seront masquées. Par exemple, voici la description d’un algorithme qui réalise un test de normalisation sur un champ donné (ou une colonne) de la table d’attributs d’une couche vectorielle :

##layer=vector
##field=field layer
##nortest=group
library(nortest)
>lillie.test(layer[[field]])

La sortie de la dernière ligne est affichée, mais la sortie de la première ne l’est pas (ni celles des commandes ajoutées automatiquement par QGIS).

Si votre algorithme crée des graphiques (par la méthode plot()), ajoutez la ligne suivante:

##showplots

Ceci va indiquer à QGIS de rediriger toutes les sorties graphiques de R vers un fichier temporaire qui sera chargé une fois l’exécution de R terminée.

Les graphiques et les résultats dans la console seront affichés dans le gestionnaire de résultats.

Pour plus d’informations, veuillez vous référer aux scripts fournis avec la barre d’outils Traitements. Tous sont relativement simples et pourront vous aider à construire vos propres scripts.

GRASS¶

La configuration pour GRASS est similaire à celle de SAGA. Tout d’abord, pour Windows, indiquez le répertoire d’installation de GRASS ainsi que l’emplacement de l’interpréteur shell (habituellement le fichier msys.exe fourni avec GRASS).

Par défaut, le module de traitement est configuré de telle sorte qu’il utilise la distribution de GRASS installée avec QGIS. Cela devrait fonctionner sans problème sur la plupart des systèmes mais, si vous rencontrez des difficultés, vous allez sans doute devoir configurer la connexion à GRASS manuellement. De même, si vous souhaitez utiliser une version différente de GRASS, vous pouvez modifier ce paramètre et pointer sur le répertoire qui contient la version souhaitée. La version 6.4 de GRASS est nécessaire pour que les algorithmes fonctionnent correctement.

Sous Linux, assurez-vous simplement que GRASS est correctement installé et qu’il peut être lancé depuis un terminal.

Les algorithmes GRASS nécessitent la définition d’une région. Cette région peut être définie manuellement, en fournissant les valeurs, comme pour la configuration de SAGA, ou de manière automatique, correspondant à l’emprise minimale des données d’entrée à l’exécution de l’algorithme. Si vous préférez ce dernier réglage, cochez l’option Utiliser l’emprise minimale dans les paramètres de configuration de GRASS.

Le dernier paramètre à configurer est le jeu de données. Un jeu de données est nécessaire pour exécuter GRASS et le module de traitement crée un jeu temporaire à chaque exécution. Vous devez indiquer si le système de coordonnées est géographique (lat/lon) ou projeté.

GDAL¶

Les algorithmes GDAL ne nécessitent pas de configuration particulière, dans la mesure où ils sont déjà intégrés dans QGIS et y récupèrent donc leurs configurations.

La boîte à outils Orfeo (OTB)¶

Les algorithmes de la boîte à outils Orfeo (OTB) peuvent être exécutés depuis QGIS si OTB est installé sur votre ordinateur et que QGIS est configuré correctement pour trouver les fichiers nécessaires (outils en ligne de commande et librairies).

Comme pour SAGA, les exécutables d’OTB sont incluses dans l’installateur indépendant de Windows mais pas sous Linux. Vous devez donc télécharger et installer le logiciel vous-même. Référez au site web d’OTB pour plus d’informations.

Une fois OTB installé, démarrez QGIS, ouvrez la fenêtre de configuration du module de Traitements et configurez le fournisseur OTB. Dans le groupe Orfeo Toolbox (analyse d’image), vous retrouverez tous les réglages relatifs à OTB. Vérifiez que les algorithmes sont activés.

Ensuite, configurez l’emplacement des exécutables et des librairies OTB :

• habituellement, le répertoire Applications OTB pointe vers /usr/lib/otb/applications et celui des Outils OTB en ligne de commande est /usr/bin.

• si vous avez utilisé l’installateur OSGeo4W pour installer le paquet otb-bin, entrez respectivement C:\OSGeo4W\apps\orfeotoolbox\applications et C:\OSGeo4W\bin pour les répertoires Applications OTB et Outils OTB en ligne decommande. Ces valeurs sont les configurations par défaut mais si vous avez une installation différente d’OTB, modifiez les en conséquence.

TauDEM¶

Pour utiliser ce fournisseur, vous devez installer les outils TauDEM en ligne de commandes.