Configurazione di applicazioni esterne¶

SAGA¶

Gli algoritmi di SAGA possono essere lanciati da QGIS se avete SAGA installato nel vostro sistema e se configurate l’ambiente di processing in modo che possa ritrovare l’eseguibile SAGA. In particolare, è necessario l’eseguibile SAGA da riga di comando, per lanciare gli algoritmi SAGA.

Nel caso di esecuzione su Windows, il programma di installazione standalone o l’installatore OSGEO4W, installa SAGA insieme a QGIS, e il percorso è automaticamente configurato, dunque non è necessario fare nient’altro.

Se avete installato SAGA da voi (ricorda che è necessaria la versione 2.1), deve essereconfigurato il percorso all’eseguibile SAGA. per far ciò, aprite la finestra di configurazione. Nel blocco SAGA troverete un’impostazione denominata SAGA Folder. Inserite il percorso alla cartella dove SAGA è installato. Chiudete la finestra di configurazione e adesso sarete pronti per lanciare gli algoritmi SAGA da QGIS.

I file binari di SAGA non sono inclusi in Processing nel caso in cui state eseguendo linux, per cui dovete scaricare e installare il software da voi. Per favore controllate il sito di SAGA per maggiori informazioni. E’ necessario SAGA 2.1.

In questo caso non è necessario configurarlo, e non vedrete tali cartelle. Piuttosto dovete verificare che SAGA sia correttamente installato e le sue cartelle siano aggiunte alla variabile di ambiente PATH. Aprite una console e digitate saga_cmd per verificare che il sistema può trovare dove i binari di SAGA sono localizzati.

R. Creating R scripts¶

R è integrato in QGIS in modo diverso da SAGA perchè non c’è un insieme predefinito di algoritmi che potete lanciare (salvo alcuni casi); al contrario dovete scrivere i vostri scripts e chiamare i comandi di R esattamente come fareste in R e in modo molto simile a quanto abbiamo detto nel capitolo dedicato agli scripts di QGIS. Questo capitolo vi mostra la sintassi da usare per chiamare i comandi di R dall’interno di |qg|e come usare gli oggetti di |qg| (layers, tabelle) in questo.

La prima cosa da fare,come abbiamo già detto per SAGA, è dire a QGIS dove sono installati gli eseguibili di R. Potete farlo usando la casella R folder nella finestra di configurazione di QGIS. Una volta configurato questo parametro potete cominciare a creare i vostri scripts per R ed a eseguirli.

Ancora una volta, la cosa è diversa in Linux e dovete solo assicurarvi che la cartella di R sia inclusa nella variabile di ambiente PATH; se eseguendo il comando R in una console, R si avvia, allora siete pronti per partire.

Per aggiungere un nuovo algoritmo che chiama una funzione di R (o un più complesso script che avete sviluppato e vorreste averlo disponibile in QGIS) dovete creare uno script che dica a QGIS come eseguire quell’operazione ed attivare i corrispondenti comandi di R.

I file script hanno estensione :file:`.rsx`e crearli è abbastanza facile se avete una conoscenza di base della sintassi di R e delle regole di scrittura di R. Essi dovrebbero essere memorizzati nella cartella R-scripts. Potete selezionare questa cartella nel gruppo di impostazione :guilabel:`R`(disponibile dalla finestra di impostazione di processing), così come si fa per la cartella dei normali script di processing.

Diamo uno sguardo ad uno script molto semplice che chiama la funzione di R “spsample” per creare una griglia casuale all’interno dei confini dei poligoni in un dato layer di tipo poligono. Questa funzione appartiene al pacchetto “maptools”. Poichè la gran parte degli algoritmi che vorrete incorporare in QGIS useranno o genereranno dati spaziali, la conoscenza dei pacchetti spaziali tipo “maptools” e specialmente “sp” è obbligatoria.

##polyg=vector
##numpoints=number 10
##output=output vector
##sp=group
pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")
output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

Le prime righe, che iniziano con un doppio simbolo di commento Python (##), indicano a QGIS gli input dell’algoritmo descritto nel file e gli output che esso produrrà. Esse funaionano esattamente con la stessa sintassi degli script di QGIS che si son già visti, cosicchè non saranno descritti qui ancora una volta. Selezioante la sezione processing_scripts per maggiori informazioni.

Quando dichiarate un parametro di ingresso, QGIS usa quell’informazione per due scopi: creare l’interfaccia per la richiesta all’utente del valore di quel parametro e creare una corrispondente variabile di R che può essere passata successivamente ai comandi di R.

Nel precedente esempio abbiamo dichiarato un valore di ingresso di tipo “vettore” chiamato “polyg”. Nell’esecuzione dell’algoritmo QGIS aprirà in R il layer selezionato dall’utente e lo memorizzerà in una variabile di nome “polyg”, quindi il nome del parametro è anche il nome della variabile che si usa in R per accedere al valore del parametro (di conseguenza evitate di usare parole riservate di R come nomi di parametro).

Elementi spaziali come i layer vettore e i layer raster sono letti usando i comandi readOGR() and brick() (non dovete essere preoccupati di aggiungere questi comandi al vostro file di descrizione, lo farà QGIS) e memorizzati come oggetti Spatial*DataFrame. I campi tabella sono memorizzati come stringhe contenenti il nome del campo selezionato.

Le tabelle sono aperte usando il comando read.csv().Se la tabella non è in formato CSV sarà preventivamente convertita in tale formato prima di essere importata in R.

Inoltre i file raster possono essere letti usando il comando readGDAL()``invece di ``brick(), usando ##usereadgdal.

Se siete degli utenti avanzati e non volete che sia QGIS a creare l’oggetto che rappresenta il layer, potete usare l’etichetta ``##passfilename``per indicare che invece, preferite una stringa con il nome del file. In questo caso è di vostra competenza l’apertura del file prima di eseguire le operazioni sui dati in esso contenuti.

Dalla precedente informazione, è possibile capire la prima riga del nostro primo file script di esempio (prima riga che non inizia con un commento Python).

pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")

La variabile polygon contiene un oggetto SpatialPolygonsDataFrame che può essere usato per chiamare la funzione spsample o similmente la funzione numpoints che indica il numero di punti da aggiungere alla griglia creata.

Avendo dichiarato un risultato di tipo vettore chiamato out, dobbiamo creare una variabile di nome out e memorizzarvi un oggetto Spatial*DataFrame (in questo caso un SpatialPointsDataFrame). Potete usare qualsiasi nome per le variabili intermedie, assicuratevi però che la variabile contenente il risultato finale abbia lo stesso nome con cui l’avete dichiarata e che contenga un valore appropriato.

In questo caso il risultato ottenuto dal metodo spsample` deve essere convertito esplicitamente in un oggetto SpatialPointsDataFrame, poichè è esso stesso un oggetto di classe ppp, che non è una classe adatta ad essere restituita a QGIS.

Se il vostro algoritmo genera dei layer raster, la modalità con cui sono memorizzati dipenderà se avete usato o meno l’opzione #dontuserasterpackage. Se l’avete usata, i layer sono memorizzati usando il metodo writeGDAL(). In caso contrario verrà usato il metodo writeRaster()``dal pacchetto ``raster.

Se avete usato l’opzione #passfilename, gli output sono generati usando il pacchetto raster (con writeRaster()), anche se non esso non è usato per gli input.

Se il vostro algoritmo non genera alcun layer, ma piuttosto un risultato testuale nella console. dovete indicare che volete la visualizzazione della console al termine dell’esecuzione. Per fare questo, lanciare la riga di comando che produce il risultato che vogliamo stampare con il simbolo > (‘maggiore’). L’output di tutte le altre righe non verrà visualizzato. Per esempio, qui è rioportata la descrizione di un file di un algoritmo che svolge un test di normalità di un dato campo (colonna) degli attributi di un layer vettore:

##layer=vector
##field=field layer
##nortest=group
library(nortest)
>lillie.test(layer[[field]])

L’output dell’ultima riga viene stampata, ma non l’uscita della prima (e neanche gli output delle altre righe aggiunte in automatico da QGIS).

Se il vostro algoritmo produce qualche tipo di risultato grafico (usando la funzione plot()) dovete aggiungere la linea seguente:

##showplots

Questo provocherà la redirezione di tutti i risultati grafici di R verso un file temporaneo che potrà essere aperto ad avvenuta esecuzione di R.

Sia i risultati grafici che quelli da console saranno mostrati nel gestore risultati di processing.

Per maggiori informazioni controllate gli script forniti con SEXTANTE; la maggior parte di essi sono molto semplici e vi aiuteranno moltissimo a capire come costruire i vostri.

GRASS¶

La configurazione di GRASS non è molto differente da quella di SAGA. Per prima cosa occorre definire, ma solo nel caso di Windows, il percorso della cartella di GRASS; Inoltre occorre definire la shell di interfaccia normalmente msys.exe che si trova in molte distribuzioni di GRASS per Windows) ed il suo percorso.

Per default, l’ambiente processing prova a configurare il suo connettore GRASS in modo da poter usare la distribuzione di GRASS fornita insieme a QGIS. Ciò dovrebbe funzionare nella maggior parte dei sistemi, ma se riscontrate problemi, potreste doverlo fare manualmente. Inoltre, se volete usare una differente installazione di GRASS, dovete cambiare quell’impostazione e scegliere la cartella dove essa è installata. GRASS 6.4 è necessario per il funzionamento corretto degli algoritmi.

Se state usando Linux dovete solo assicurarvi che GRASS è correttamente installato e che può essere attivato senza problemi da una console.

Gli algoritmi di GRASS usano una regione per le loro elaborazioni.Questa regione può essere definita manualmente, usando valori simili a quelli usati per la configurazione di SAGA, o automaticamente, prendendo ogni volta la minima estensione geografica che contiene i layers usati per il calcolo. Se preferite questo funzionamento spuntate la casella Usa la minima regione disponibile nei parametri di configurazione di GRASS.

L’ultimo parametro che deve essere configurato è in relazione con il mapset. Un mapset è necessario per lanciare GRASS, e l’ambiente processing ne crea uno temporaneo in ciascuna esecuzione. Dovete specificare se i dati con cui lavorate usano coordinate geografiche (lat/lon) o proiettate.

GDAL¶

Per eseguire GDAL non è necessaria alcuna configurazione perchè è già incorporato in QGIS e gli algoritmi possono prelevare da lì la loro configurazione.

Orfeo ToolBox¶

Gli algoritmi di Orfeo Toolbox (OTB) possono essere lanciati da QGIS se avete OTB installato nel vostro sistema e se configurate QGIS propriamente, in modo che possa ritrovare tutti i file necessari (strumenti da linea di comando e librerie).

Come nel caso di SAGA i file binari di OTB sono inclusi nell’installazione autonoma per Windows, ma non sono inclusi se si esegue Linux, quindi è necessario scaricare e installare il software da soli. Si prega di controllare il sito web OTB per maggiori informazioni.

Una volta che OTB è installato, lanciare QGIS, aprire la finestra di configurazione e configurare il gestore di algoritmi OTB. Nel blocco :guilabel:`Orfeo Toolbox(Image Analysis) troverete tutte le impostazioni relative a OTB. Per primo assicuratevi che gli algoritmi sono abilitati.

Quindi configurare il percorso della cartella in cui sono installati gli strumenti a linea di comando e le librerie di OTB:

• normalmente OTB applications folder punta a /usr/lib/otb/applications e OTB command line tools folder è /usr/bin

• se si usa l’installatore OSGeo4W, allora installare il pacchetto otb-bin e inserire C:OSGeo4Wappsorfeotoolboxapplications` come OTB applications folder e C:\OSGeo4W\bin come OTB command line tools folder. Questi sono i valori impostati come impostazione predefinita, ma se avete una diversa installazione di OTB, configurateli ai valori correspondenti nel vostro sistema.

TauDEM¶

Per installare questo gestore dovete installare gli strumenti di TauDEM a linea di comando.